W 1996 roku kościół św. Augustyna obchodził stulecie istnienia.
Pod koniec XIX wieku konieczne okazało się przygotowanie miejsca spotkań Eucharystycznych dla mieszkańców rozwijającego się osiedla Muranów. Józef Mikucki, urzędnik warszawskiej kasy guberialnej, na potrzeby kultu Bożego przekazał dom z placem pod budowę kościoła, zlokalizowanym przy ulicy Dzielnej. Jego zbożną darowiznę finansowo wsparła właścicielka Wilanowa hrabina Aleksandra Potocka, wdowa po Auguście Potockim, która ponadto dokupiła dwa sąsiednie place, dzięki czemu świątynia mogła stanąć frontem do ulicy Nowolipki. W skład Komitetu Budowy Kościoła weszli: arcybiskup Wincenty Teofil Chościak-Popiel, hrabia Ksawery Branicki, hrabia Konstanty Potocki, hrabia Franciszek Czacki, mecenas Leon Grabowski, bankier Aleksander Golstand, a także ksiądz prałat Justyn Borzewski i ksiądz proboszcz Franciszek Chmielewski. Na jego czele stanął Ludwik Górski, wykonawca testamentu hrabiny.
Prace budowlane ruszyły w 1891 roku. Kamień węgielny poświęcił 20 października 1892 roku arcybiskup warszawski Wincenty Teofil Chościak-Popiel w asyście biskupa sufragana warszawskiego Kazimierza Ruszkiewicza. Znaczącą datą dla tutejszej rodziny Chrystusowej był 10 grudnia 1896 roku, kiedy arcybiskup Popiel odprawił pierwszą Mszę św. w nowo wybudowanej świątyni, a ks. kanonik Ignacy Durewicz dokonał jej poświęcenia, chociaż jeszcze przez kolejne lata miło trwać wyposażanie wnętrza. Konsekracja kościoła, od 1903 roku stanowiącego siedzibę parafii, dokonał biskup Kazimierz Ruszkiewicz 5 września 1905 roku. Upamiętnia tę datę tablica umieszczona na bocznej ścianie ołtarza głównego.
Podczas II wojny światowej świątynia znalazła się na terenie utworzonej przez okupanta dzielnicy żydowskiej. Przez kilka miesięcy była czynna dla katolików pochodzenia żydowskiego, a posługę pełnili tu dojeżdżający kapłani. Po jej zamknięciu Niemcy przeznaczyli ją na magazyn mienia zrabowanego Żydom, a potem – na stajnię. Mimo zamknięcia kościoła, przez dłuższy czas w domu parafialnym przebywali proboszcz ks. Franciszek Garncarek i wikariusz ks. Leon Więckowicz. (ks. Garncarek został zamordowany przez Niemców 20 grudnia 1943r., a ks. Więckowicz, aresztowany za pomoc Żydom, zmarł 4 sierpnia 1944r. w obozie koncentracyjnym Gross Rosen.)
W czasie powstania Warszawskiego wieża kościoła służyła Niemcom jako punkt obserwacyjny i gniazdo broni maszynowej. 5 sierpnia 1944 roku została uszkodzona strzałem ze zdobycznej pantery przez żołnierzy batalionu „Zośka” podczas szturmu na Gęsiówkę. Po powstaniu, wskutek podpalenia przez Niemców dachu świątyni, spłonęła sygnaturka, organy, wszystkie drzwi zewnętrzne, ucierpiały kamienne elementy elewacji. Ogień zajął plebanię i dom parafialny. Szczęśliwie okupanci nie zrealizowali planów wysadzenia świątyni.
Po wojnie kościół był jednym z niewielu obiektów pozostałych na terenie byłego getta. Wkrótce – dzięki funduszom przyznanym przez Radę Prymasowską Odbudowy Kościołów Warszawy – ruszyła jego restauracja. W 1947 roku został oddany do użytku wiernych, ale jeszcze przez następne lata modlitwom wtórowały odgłosy prowadzonych prac remontowych. W 1953 roku otynkowano sklepienia naw bocznych i odnowiono sygnaturkę, a w 1957 roku zakończono prace renowacyjne. Obszar przykościelnego cmentarza zmniejszono na rzecz wznoszonego osiedla.
7 października 1959 roku, wskutek pogłosek o cudownym ukazaniu się Matki Bożej na tle złotej kuli na wieży, przed kościołem zaczęli gromadzić się wierni. Kilkanaście dni później z polecenia służb bezpieczeństwa kula została pomalowana na czarno i tak pozostawała do roku 1995.
Ostatnie ćwierćwiecze zapisało się w historii kościoła licznymi remontami. W 1988 roku prezbiterium podniesiono i wyłożono marmurem. W latach 1993-1995 odnowiono stacje Drogi Krzyżowej, ołtarze oraz wnętrze. W 1996 roku – w związku z jubileuszem stulecia kościoła – odrestaurowano ołtarz główny, a uroczystości upamiętniono umieszczeniem na fasadzie figury Pana Jezusa autorstwa Witolda Czopowika.
W 2006 roku kościół wzbogacił się o nowe organy, a parafia odzyskała przyległy plac utracony po wojnie. 22 października 2006 roku odbyło się uroczyste podświetlanie kościoła z udziałem Józefa Kard. Glempa Prymasa Polski i byłego premiera Kazimierza Marcinkiewicza. W 2008 roku osuszono i zaizolowano fundamenty całej świątyni. W 2009 roku przeprowadzona została renowacja elewacji głównej wieży. Na przełomie roku 2010 i 2011 dokonano konserwacji wschodniej ściany kościoła. Obecnie trwają prace renowacji elewacji zachodniej. Wszystko to było możliwe dzięki ofiarności parafian, dotacjom Urzędu m. st. Warszawy – Biura Stołecznego Konserwatora Zabytków oraz Zarządu Województwa Mazowieckiego.
